1651 wurde er in Sonnenburg, dem heutigen Słońsk in der Woiwodschaft Lebus, zum Ritter des Johanniterordens - dem protestantischen Zweig des Souveränen Malteserordens - geschlagen. Im Jahr 1657 kaufte Freiherr von Loeben das Gut Schenkendorf und förderte die hiesige Landwirtschaft. Den beiden letzten von einst sechs ansässigen Hüfnern, die die Plünderungen des Dreißigjährigen Krieges überstanden hatten, stellte er Nutztiere und Saatgut für den Neuanfang zur Verfügung.
1660 verpflichtete Johann Friedrich Freiherr von Loeben den Küster von Schenkendorf: "... die Kinder der Bauern während der Wintermonate in seiner Wohnung zu sammeln, sie zur Gottesfurcht zu erziehen, den Katechismus Luthers zu lehren und auch etwas lesen, schreiben und rechnen beizubringen." Damit herrschte die Schulpflicht in Schenkendorf schon 100 Jahre vor dem 1763 in ganz Preußen eingeführten Land-Schul-Reglement.
Als ein bedeutender Brandenburger der frühen Neuzeit starb er am 16. Mai 1667.